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Variants génétiques associés aux thromboses veineuses profondes
Irene D. Bezemer, MSc;
Lance A. Bare, PhD;
Carine J. M. Doggen, PhD;
Andre R. Arellano, BS;
Carmen Tong, BS;
Charles M. Rowland, MS;
Joseph Catanese, BS;
Bradford A. Young, PhD;
Pieter H. Reitsma, PhD;
James J. Devlin, PhD;
Frits R. Rosendaal, MD, PhD
JAMA. 2008;299(11):1306-1314
RÉSUMÉ
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Contexte Les causes génétiques de la thrombose veineuse profonde (DVT) ne sont pas entièrement comprises.
Objectif Identifier les polymorphismes à simple nucléotide (SNP) liés à DVT.
Schéma, environnement et patients Nous avons employé 3 études de cas-témoin pour une première DVT. Au total, 19 682 SNP centrés sur les gènes ont été génotypés chez 443 cas et 453 témoins de la Leiden Thrombophilia Study (LETS, 1988-1992). Douze cent-six SNP associés à une DVT ont été réexaminés dans la Multiple Environmental and Genetic Assessment of Risk Factors for Venous Thrombosis study (MEGA-1, 1999-2004) pour un sous-ensemble de 1398 cas et 1757 témoins. Neuf SNP associés à une DVT dans LETS et MEGA-1 ont été étudiés une troisième fois chez 1314 cas et 2877 témoins de MEGA-2, un deuxième sous-groupe de MÉGA. D’autres SNP proches d’un SNP dans CYP4V2 ont été génotypés dans LETS et MEGA-1.
Principal critère de jugement Les rapports de cotes (OR) pour les DVT ont été estimés par régression logistique. Les taux de fausse découverte ont servi à étudier l'effet du test multiple d'hypothèses.
Résultats Des 9 SNP génotypés dans MEGA-2, 3 étaient fortement associés à une DVT (P<0.05 ; taux de fausse découverte  0.10) : rs13146272 dans CYP4V2 (fréquence d'allèle de risque, 0.64), rs2227589 dans SERPINC1 (fréquence d'allèle de risque, 0.10), et rs1613662 dans GP6 (fréquence d'allèle de risque, 0.84). Les OR pour une DVT par allèle de risque étaient de 1.24 (intervalle de confiance à 95% [IC 95%], 1.11-1.37) pour rs13146272, 1.29 (IC 95%, 1.10-1.49) pour rs2227589, et 1.15 (IC 95%, 1.01-1.30) pour rs1613662. Dans la région de CYP4V2, nous avons identifié 4 autres SNP (dans CYP4V2, KLKB1, et F11) également associés à la fois à une DVT (OR le plus élevé par allèle de risque, 1.39 ; IC 95%, 1.11-1.74) et au niveau du facteur de coagulation XI (augmentation la plus élevée par allèle de risque, 8% ; IC 95%, 5%-11%).
Conclusions Nous avons identifié des SNP dans plusieurs gènes associés à une DVT. Nous avons également trouvé des SNP dans la région autour du SNP de CYP4V2 (rs13146272) associés à une DVT et aux niveaux du facteur XI. Ces résultats prouvent qu’une variation génétique commune joue un rôle important dans la détermination du risque thrombotique.
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