Cet Article  • Texte Complet  • PDF  • Version anglaise  • Sauvegarder dans Citation Manager  • Permissions  Contenu en rapport  • Article en rapport  • Articles similaires dans ce journal

Le rôle des polymorphismes dans les gènes candidats

Linda M. Dong, MPH, PhD; John D. Potter, MD, PhD; Emily White, PhD; Cornelia M. Ulrich, PhD; Lon R. Cardon, PhD; Ulrike Peters, PhD, MPH

JAMA. 2008;299(20):2423-2436

RÉSUMÉ
Contexte Les progrès continus des technologies de génotypage et l'inclusion du recueil de l’ADN dans des études d'observation ont permis un nombre croissant d'études génétiques d'association.

Objectif Evaluer le progrès global et la contribution des études d'association des gènes candidats à la compréhension actuelle de la susceptibilité génétique au cancer.

Sources des données Nous avons systématiquement examiné les résultats des méta-analyses et d’analyses groupées sur les polymorphismes génétiques et le risque de cancer publiées jusqu'en mars 2008.

Sélection des études Nous avons identifié 161 méta-analyses et analyses groupées, incluant 18 localisations de cancer et 99 gènes. Les analyses devaient répondre aux critères suivants : inclusion d’au moins 500 cas, risque de cancer comme critère, ne pas s’être concentrée sur les marqueurs génétiques d'antigènes HLA, et avoir été publiées en anglais.

Recueil des données Les informations sur le site du cancer, le nom du gène, la variante, l'évaluation du paramètre et l'intervalle de confiance à 95% (IC), la fréquence allélomorphe, le nombre d'études et de cas, les essais d'hétérogénéité de l’étude, et le biais de publication ont été extraits par un investigateur et passés en revue par les autres investigateurs.

Résultats Ces 161 analyses ont évalué 344 associations de cancer et de variante génétique et inclus en moyenne 7.3 études et 3551 cas (extrêmes, 508-19729 cas) par association étudiée. Les rapports récapitulatifs de cotes (OR) pour 98 (28%) associations statistiquement significatives (P value<0.05) ont été ensuite évalués en estimant la probabilité d’un rapport faux-positif (FPRP) à une probabilité antérieure donnée et à une puissance statistique donnée. À un niveau de probabilité antérieure de 0.001 et à la puissance statistique permettant de détecter un OR de 1.5, 13 associations cancer-variant génétique sont demeurées notables (FPRP<0.2). En assumant une probabilité antérieure très basse de 0.000001, semblable à une probabilité présumée d’un polymorphisme simple d’un nucléotide aléatoirement choisi dans une étude d'association génomique large, avec une puissance statistique pour détecter un OR de 1.5, 4 associations ont été considérées notables en ayant une valeur <0.2 de FPRP : GSTM1 nul et cancer de la vessie (OR, 1.5 ; IC 95%, 1.3-1.6 ; P=1.9x10^–14), acétyleur lent NAT2 et cancer de la vessie (OR, 1.46 ; IC 95%, 1.26 - 1.68 ; P=2.5 x 10^–7), MTHFR C677T et cancer gastrique (OR, 1.52 ; IC 95%, 1.31 - 1.77 ; P=4.9x10^–8), et GSTM1 nul et leucémie aiguë (OR, 1.20 ; IC 95%, 1.14 - 1.25 ; P =8.6x10^–15). Lorsque l’OR utilisé pour déterminer la puissance statistique a été abaissé à 1.2, 2 des 4 associations notables ont persisté: GSTM1 nul avec le cancer de la vessie et la leucémie aiguë.

Conclusion Dans cette revue d’études d'association de gène candidat, presque un tiers des associations cancer-variant du gène était statistiquement significatif, les variants des gènes codant le métabolisme des enzymes étant parmi les associations les plus consistantes et les plus fortement significatives.

Affiliations des auteurs: Fred Hutchinson Cancer Research Center, Seattle, Washington (Drs Dong, Potter, White, Ulrich, Cardon, et Peters) et Departments of Epidemiology (Drs Dong, Potter, White, Ulrich, et Peters) et Biostatistics (Dr Cardon), University of Washington, Seattle.

ARTICLE EN RAPPORT

Cette semaine dans le JAMA-Français
JAMA. 2008;299:2361.
Texte Complet